JClic verwendet 2 Arten von Dateien:

Dateien mit der Endung .jclic

Das sind XML Dateien die eine komplette Beschreibung eines JClic Projekts beinhalten. Die Struktur dieser Sammlung ist im XML-Schema Jclic.xsd beschrieben.

Das Grundelement dieser JClic Daten wird "JClicProjekt" genannt und beinhaltet 4 wichtige Hauptelemente:

• <Settings>
  Informationen über den Autor, das Thema, ev. Überarbeitungen etc.
  
• <Activities>
  Beinhaltet "activity" Elemente, die die Funktionen und die Charakteristik einer Übung definieren.
  
• <Sequence>
  Beschreibt den Ordner, in welchem die Übungen präsentiert werden und die Funktion der "Vor- und Zurück" Buttons
  
• <MediaBag>
  Detaillierte Liste mit allen für die Übung benötigten Dateien: Bilder, Videos, Sounds, MIDI-Files, TTF Schriften,...

Dateien mit der Endung .jclic.zip

Das sind Standard-Zip-Dateien, die nur eine .jclic Datei und alle für das fehlerfreie Abspielen der Übung benötigten Dateien (Bilder, Multimediadateien,...) beinhalten.
Wenn dieses Format verwendet wird, kann ein gesamtes JClic Projekt in nur einer Datei gespeichert werden.

Neben diesen oben angeführten 2 Dateiendungen ist es mit JClic möglich, PAC oder PCC Dateien von Clic 3.0 zu importieren.