Um den Gebäudekomplex in eine Sequenz überschaubarer Bereiche zu gliedern, wurde das Prinzip der Cluster gewählt. Bei dieser Variante werden eine bestimmte Anzahl von Klassen und Gruppenräumen zu einem räumlichen Verbund zusammengefasst. Herzstück eines jeden Clusters bildet der sogenannte Marktplatz. Dieser kann als Pausenraum, Raum für offene Unterrichtsformen oder als Versammlungsraum und Ort des Zusammentreffens genutzt werden. Ein Lehrmittelzimmer und ein Teamarbeitsraum für Lehrer ergänzen den Cluster.

Die Kosten der Errichtung des Schulkomplexes haben sich auf rund 16 Millionen Euro belaufen. Das Bildungszentrum Pregarten gilt außerdem als Pilotprojekt für ähnliche Bauvorhaben im schulischen Bereich und dient der Weiterentwicklung des Schulbaues in Oberösterreich.